Днес хората, които искат да доставят стоки (или да преместват хора) вероятно ще разберат, че не винаги има смисъл да се придържаме само към един вид транспорт. Например, товарът може да бъде разтоварен от кораб на камион, който го прехвърля на ралидар, от който ще бъде преместен в цялата страна с влак. Интермодалният транспорт може да бъде по-ефективен и по-евтин; в някои случаи, обаче, той има изразени недостатъци по отношение на скоростта и надеждността.
скорост
Въпреки че интермодалният транспорт предлага предимствата на сравнително ниските разходи в сравнение с други методи, той получава това чрез жертване на скоростта; всеки път, когато товарът се прехвърля към сравнително по-бавно средство за придвижване, например влакове, които работят на фиксирани релси, които не могат да се предлагат като директен маршрут, тъй като пътищата, които камионът използва, забавя движението си. За да работят с максимална ефективност, интермодалният транспорт трябва също така да намали времето, прекарано в чакане в депата за пристигане на нов превозвач или за разтоварване на товара.
Липса на надеждност
Поради своята зависимост от повече от един вид транзит, интермодалният транспорт също подлежи на по-ниска обща надеждност; с нарастването на веригата от различни режими, вероятността от каквато и да е връзка във веригата се разрушава също се увеличава. Това е особено проблематично, когато един от видовете транспорт е железопътният; железопътните линии са по-податливи на закъснения, причинени от лошо време или повреда на оборудването. Поради тази причина, както и опасенията относно скоростта, превозвачите, които се нуждаят от надежден високоскоростен транспорт, са по-малко склонни да разглеждат интермодалните системи.
Щета
Когато товарът трябва да се разбърква, товародателите рискуват възможността за повреда, тъй като товарът се прехвърля от един метод на транспортиране към друг. За щастие, тази опасност може да бъде смекчена, но като цяло това включва свръхпакетиране чрез добавяне на повече крепежни и защитни материали, отколкото обикновено се счита за достатъчно. Тази допълнителна тежест и разход частично противодейства на предимствата на интермодалния транспорт по отношение на енергийната ефективност и разходите.
Високи разходи за инфраструктура
Интермодалните товарни превози също страдат от сравнително високи инфраструктурни разходи. Контейнеризацията е намалила разходите и трудностите при транспортирането на стоки чрез стандартизиране на тяхната форма; превозвачите могат лесно да преместват същия контейнер от кораб до влак до камион. Обработката на тези контейнери обаче изисква от товародателите да имат тежкотоварни кранове и оборудване, необходимо за манипулиране на големи контейнери; тази инфраструктура може да не съществува на всички места, особено в развиващите се страни.
